Osnovi gradniki beljakovin so aminokisline. Zaporedje aminokislin v delu molekule beljakovine določa primarno zgradbo beljakovin. Posamezne verige aminokislin se organizirajo v ponavljajoče se vzorce, ki predstavljajo sekundarno zgradbo beljakovin.
Glede na zgradbo delimo beljakovine na enostavne beljakovine ali proteine, ki so sestavljeni le iz aminokislin, in na sestavljene beljakovine ali proteide, ki imajo v molekuli beljakovinski in nebeljakovinski del.
Glede na obliko molekul jih v grobem lahko razdelimo na dve veliki skupini: nitaste beljakovine najdemo npr. v celicah kože, dlakah, nohtih (keratin), kitah (elastin) kot medcelični vezivni material (kolagen). Predstavljajo vezivni in strukturni material predvsem živalskih celic in tkiv. Kroglaste beljakovine so večinoma topne v vodi in jih najdemo v telesnih in celičnih tekočinah (npr. encimi, hormoni, transportni in obrambni proteini).