Eno najpomembnejših vlog med beljakovinami imajo encimi. Njihova naloga je, da uravnavajo (katalizirajo) kemijske reakcije v organizmih, zato jih uvrščamo med biokatalizatorje. Biokatalizatorji so katalizatorji, ki delujejo v telesu.
Encimi so biokatalizatorji.
Za reakcije, katalizirane z encimi, velja, da so izredno hitre. Reakcija, ki jo katalizira encim z imenom OMP dekarboksilaza, steče v zgolj 18 milisekundah. Brez tega encima bi reakcija potrebovala kar 78 milijonov let. Ob pristnosti encimov stečejo reakcije hitreje in pri nižji temperaturi, ker encimi znižajo energijo, ki je potrebna, da se reakcija sproži.
Energijo, ki je potrebna, da se reakcija sproži, imenujemo aktivacijska energija.
Encimi imajo precej zapleteno zgradbo. Skoraj vsi so globularne beljakovine. Molekule nekaterih encimov lahko vsebujejo poleg beljakovinskega dela tudi atome kovin (npr. železa, magnezija, bakra ...) ali spojine, ki jih imenujemo koencimi. Koencimi so lahko tudi nekateri vitamini ali snovi, ki nastanejo iz vitaminov.