V indolov strukturni tip naravnih barvil uvrščamo tudi melanine,
ki nastanejo z oksidativnim razpadom aminokisline tirozin in sorodnih
fenolnih spojin. Imajo polimerno zgradbo. Njihova glavna vloga je
zaščita pred ultravijoličnim sevanjem, zato so pogosti v koži in dlaki
sesalcev, najdemo pa jih tudi pri drugih vretenčarjih ter izjemoma
pri rastlinah, npr. pri počrnenju zrelih banan. Zgoščeno melaninsko
barvilo je tudi črnilo sip in hobotnic.
Pomanjkanje melaninov pri ljudeh in živalih je znano kot albinizem. Albinizem kot odsotnost melaninskih barvil v koži se pojavlja pri ljudeh in pri živalih.
Betanini so močno rdeče barve, prisotni so v rdeči pesi in ščiru. Njihove vodne raztopine ob spremembi pH-vrednosti spreminjajo barvo, zato jih lahko uporabljamo kot naravne pH-indikatorje.
Primer pirimidinskih barvil so pterini, rumena barvila žuželk, zlasti metuljev, čebel, os in čmrljev.
Barvilo ksantopterin daje osam živo rumeno barvo.